El subprograma enfoca sus esfuerzos a impulsar la mejora del manejo pesquero y acuícola, implementar programas de fortalecimiento, capacitación y asistencia técnica en normativas sanitarias, fitosanitarias e inocuidad, fitozoogenética, dirigido a productores, importadores y exportadores de productos orgánicos. Dentro de este se desarrollan las siguientes actividades:1) Regulación del Patrimonio Productivo Agropecuario, le corresponde prevenir, controlar y erradicar las plagas de importancia cuarentenaría y económica de las plantas y establecer la normativa fitosanitaria, planes, programas, campañas y la extensión fitosanitaria, 2) Fomento de la Pesca y Acuicultura, con esta actividad se busca promover el aprovechamiento sostenible y responsable de los recursos pesqueros y acuícolas sin menoscabo de los ecosistemas. Así como la modernización de la gestión pesquera a través de la actualización del marco jurídico y el establecimiento de procedimientos claros, simples y eficientes.
